自然發(fā)酵乳制品制作和食用已有數(shù)千年，其中蘊藏的微生物資源，歷經(jīng)千年的選擇與進化，形成了穩(wěn)定、多樣的微生物體系。自然發(fā)酵乳是乳酸菌等微生物資源的優(yōu)良載體，也是研究微生物多樣性的典型代表。本研究從宏基因組學(xué)、培養(yǎng)組學(xué)、基因組學(xué)及代謝組學(xué)等多角度揭示了自然發(fā)酵乳中乳酸菌的生物多樣性受地理因素影響的規(guī)律，明確了其中微生物群落以及代謝產(chǎn)物間存在著復(fù)雜的生態(tài)互作，探討了乳酸菌等微生物的群體進化、生境適應(yīng)和遺傳演化，解析了該生境主要依賴種內(nèi)多樣性和種間多樣性的協(xié)同共生和穩(wěn)定遺傳維持微生物穩(wěn)態(tài)。

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