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金黃色葡萄球菌B型腸毒素熱變性過程:源于圓二色光譜及分子動力學(xué)模擬的啟示
來源:導(dǎo)入 閱讀量: 166 發(fā)表時間: 2024-09-09
作者: 劉?驥, 張詩雨, 曾?瑜, 鄧?依
關(guān)鍵詞: 金黃色葡萄球菌B型腸毒素;圓二色光譜;分子動力學(xué)模擬;熱變性解折疊
摘要:

本實驗在298~371 K和298~500 K溫度范圍內(nèi),分別利用圓二色(circular dichroism,CD)光譜和分子動力學(xué)(molecular dynamics,MD)模擬研究加熱過程中金黃色葡萄球菌B型腸毒素(staphylococcal enterotoxin B,SEB)的熱變性過程,探索實驗與模擬之間的關(guān)系。對SEB二級結(jié)構(gòu)研究發(fā)現(xiàn),在室溫條件下,CD譜圖與MD模擬結(jié)果高度一致;在加熱條件下,CD譜圖擬合出的螺旋、折疊和無規(guī)卷曲結(jié)構(gòu)變化趨勢與MD模擬結(jié)果也高度一致。為深入了解SEB的熱穩(wěn)定機制,對其MD模擬軌跡進行均方根偏差、二級結(jié)構(gòu)含量、回轉(zhuǎn)半徑、自由能表面、溶劑可及性表面積以及氫鍵和鹽橋測定分析。MD分析結(jié)果表明,在較低的加熱溫度條件下,不含柔性環(huán)的結(jié)構(gòu)域I主要依賴疏水相互作用維持其熱穩(wěn)定性,而結(jié)構(gòu)域II的熱穩(wěn)定性主要借助于鹽橋和氫鍵。在較高加熱溫度條件下,不含柔性環(huán)的結(jié)構(gòu)域I中疏水相互作用被破壞,其二級結(jié)構(gòu)幾乎完全消失。而結(jié)構(gòu)域II還能依靠鹽橋形成的“分子圖釘”在較高加熱溫度下勉強維系其二級結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性。上述研究結(jié)果有助于在分子水平上理解維系SEB熱穩(wěn)定性的熱力學(xué)和動力學(xué)機制,為確立更加安全有效的食品消毒殺菌工藝指明方向。

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