領學術科研之先,創(chuàng)食品科技之新
—— 中國食品雜志社
期刊集群
全球副溶血弧菌環(huán)境菌株的基于堿基序列和肽鏈序列的多位點序列分型
來源:食品科學網(wǎng) 閱讀量: 111 發(fā)表時間: 2017-06-07
作者: 徐嘉良,杜小莉,盧 昕
關鍵詞: 副溶血弧菌;基于堿基序列的多位點序列分型;基于肽鏈的多位點序列分型;克隆復合體
摘要:

為了了解來自全球的副溶血弧菌環(huán)境菌株的群組結構和克隆復合體構成,利用PubMLST公共數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù),篩選其中具有完整序列分型(sequence type,ST)及肽序列型(peptide sequence type,pST)的來自全球的副溶血弧菌環(huán)境菌株數(shù)據(jù),進行亞群分析和克隆復合體分析,并分別構建了基于ST型和pST型的最小生成樹。結果表明,從數(shù)據(jù)庫中共篩選到具有ST型及pST型的來自全球的副溶血弧菌環(huán)境菌株數(shù)據(jù)886 條,共含有663 個ST型,以ST3型為最多,但也僅含27 條菌株信息。其中,有436 條菌株數(shù)據(jù)來自中國(包括大陸、香港和臺灣),覆蓋了410 個ST型,每個ST型含1~4 條菌株數(shù)據(jù),這436 條菌株數(shù)據(jù)又可分為128 個pST型,其中pST1型為最多,達116 條菌株數(shù)據(jù)。利用eBURST軟件對數(shù)據(jù)進行分析,共發(fā)現(xiàn)了73 個組,483 個單體。STRUCTURE軟件分析顯示來自全球的副溶血弧菌環(huán)境菌株的適宜亞群數(shù)為4,各亞群內(nèi)的樣品平均距離為0.981 7。綜上結果表明,來自全球的副溶血弧菌環(huán)境菌株具有高度多態(tài)性,可更細分為4 個亞群,MLST分型時以ST3型為多,AA-MLST分型時以pST1型為主。

電話: 010-87293157 地址: 北京市豐臺區(qū)洋橋70號

版權所有 @ 2023 中國食品雜志社 京公網(wǎng)安備11010602060050號 京ICP備14033398號-2

周至县| 建宁县| 壶关县| 安乡县| 长子县| 厦门市| 龙门县| 金秀| 建湖县| 汝城县| 陆川县| 原阳县| 南安市| 格尔木市| 陕西省| 南城县| 安丘市| 贵溪市| 喀喇沁旗| 玉溪市| 内黄县| 武乡县| 偃师市| 石家庄市| 吉木乃县| 民权县| 施秉县| 新泰市| 拉萨市| 公主岭市| 永新县| 沅陵县| 永川市| 忻城县| 柳州市| 安龙县| 镇巴县| 同心县| 澄城县| 安康市| 万宁市|