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基于比較基因組學(xué)解析植物乳植桿菌ST的功能基因組
來(lái)源:食品科學(xué)網(wǎng) 閱讀量: 191 發(fā)表時(shí)間: 2023-08-11
作者: 楊淑娟,周金萍,李海燕,曹振輝,孫志宏,林秋葉
關(guān)鍵詞: 植物乳植桿菌ST;比較基因組學(xué);功能基因
摘要:

解析植物乳植桿菌(Lactiplantibacillus plantarum)ST的功能基因組特征,為其開(kāi)發(fā)利用奠定基礎(chǔ)。對(duì)L. plantarum ST與1 株模式菌株ATCC 14197T基因組序列及NCBI中已公開(kāi)的152 株L. plantarum全基因組序列進(jìn)行比較基因組學(xué)分析。基于154 株L. plantarum的1 262 個(gè)核心基因構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹(shù),發(fā)現(xiàn)ST與腸道分離株BCC9546遺傳距離最近。乳、肉制品分離株分別集中在第II分支的上半部分和下半部分,因來(lái)源不同而存在差異,且存在一定的聚集性。同時(shí)果蠅分離株具有明顯聚集趨勢(shì)。功能注釋分析發(fā)現(xiàn),ST基因組中包含磷酸轉(zhuǎn)移酶系統(tǒng)糖類(lèi)轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)相關(guān)基因,還注釋到了免疫調(diào)控通路相關(guān)基因,同時(shí)有較多水解或重排糖苷鍵的基因。ST不存在毒力因子和耐藥基因。與其他L. plantarum相比,ST攜帶特有的與能量轉(zhuǎn)運(yùn)功能有關(guān)的功能基因ecfT。此外,ST具有與群體感應(yīng)信號(hào)分子AI-2、黏附分子和谷胱甘肽合成相關(guān)的功能基因。API 50 CHL碳水化合物代謝結(jié)果顯示,L. plantarum ST能利用豐富的碳源,可代謝包括單糖類(lèi)、糖苷和二糖類(lèi)及多糖類(lèi)等中29 種碳源。本研究從基因組層面分析L. plantarum ST功能基因組特征,同時(shí)結(jié)合糖發(fā)酵表型實(shí)驗(yàn)結(jié)果,認(rèn)為L(zhǎng). plantarum ST是1 株安全且具有潛在益生特性的益生菌,為其開(kāi)發(fā)利用提供遺傳學(xué)基礎(chǔ)。

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