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一步法微滴數(shù)字PCR檢測生菜中GII型諾如病毒
來源:食品科學網(wǎng) 閱讀量: 206 發(fā)表時間: 2019-09-26
作者: 陳嘉茵,方苓,吳詩微,唐書澤,張志強,李暉,吳希陽
關鍵詞: 逆轉錄微滴數(shù)字聚合酶鏈式反應|一步法|GII型諾如病毒|生菜|回收率
摘要:

目的:采用逆轉錄微滴數(shù)字聚合酶鏈式反應(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技術和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高靈敏快速檢測生菜中GII型諾如病毒(norovirus genegroup II,NoV GII)的方法。方法:優(yōu)化RT-ddPCR檢測NoV GII的反應體系;通過10?倍梯度稀釋的NoV GII線性陽性質粒確定RT-ddPCR的檢測范圍;利用其他常見的腸道病毒核酸(非GII型諾如病毒)作為反應模板,與NoV GII核酸同時進行RT-ddPCR,判定反應體系的特異性,并通過不同時間多次檢測樣品的方式判斷該檢測方法的穩(wěn)定性。采用ISO/TS 15216-1:2013食品中諾如病毒RNA提取方法,對人工染毒不同水平(高、中、低)的NoV GII生菜樣品進行檢測,同時研究去除抑制物前后對RT-ddPCR檢測的影響,并與逆轉錄定量聚合酶鏈式反應(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)進行檢測回收率的對比,探究RT-ddPCR在食品中NoV?GII快速與定量檢測上的發(fā)展?jié)摿εc應用前景。結果:RT-ddPCR的最高檢測限為8.47×104?copies/μL,最低檢測限為2.12?copies/μL,RT-ddPCR擴增效率為95.44%,標準曲線相關系數(shù)為0.997?3。在不同濃度人工染毒生菜樣品中,抑制物的存在對ddPCR回收率檢測結果沒有顯著性差異。在高、中染毒濃度下,抑制物對RT-qPCR與RT-ddPCR回收率檢測結果影響不顯著。低濃度下,未去除抑制物的RT-qPCR法平均回收率僅1.43%,與去除抑制物后的RT-qPCR檢測結果(平均回收率為9.71%)有顯著差異,且與RT-ddPCR的檢測結果(未去除抑制物的RT-ddPCR平均回收率為11.80%,去除抑制物后平均回收率為12.53%)存在顯著性差異。結論:生菜抑制物對RT-ddPCR的檢測影響不顯著,利用RT-ddPCR可有效測出低濃度的受污染樣品,避免用現(xiàn)有的RT-qPCR方法因抑制物帶來的“假陰性”檢測結果。本實驗建立的RT-ddPCR方法能高效、靈敏地檢測出受污染食品中NoV?GII的低病毒含量,在食源性病毒檢測中具有可觀的發(fā)展?jié)摿蛻们熬啊?/p>

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