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基于16S rRNA高通量測序方法比較新疆冷水魚腸道中微生物多樣性
來源:食品科學(xué)網(wǎng) 閱讀量: 155 發(fā)表時間: 2019-09-26
作者: 黃麗麗,張艷,周紅,倪永清
關(guān)鍵詞: 冷水魚|微生物多樣性|高通量測序技術(shù)
摘要:

為了解新疆阿勒泰地區(qū)額爾齊斯河流域野生冷水魚腸道微生物多樣性及其群落結(jié)構(gòu)組成。采用NGS高通量測序技術(shù),分析3?種冷水魚腸道內(nèi)容物和黏膜中細菌16S?rRNA?V4區(qū)基因序列,進而比較不同種類冷水魚腸道內(nèi)容物和黏膜中微生物的群落結(jié)構(gòu)組成及多樣性差異。結(jié)果共獲得58?328?條有效序列,242?個OTU。多樣性分析表明,哲羅魚樣品中的Shannon指數(shù)明顯低于細鱗魚和黑斑狗魚,細鱗魚和黑斑狗魚在群落結(jié)構(gòu)上更為接近。在門水平6?個樣品中的菌群均以厚壁菌門(Firmicutes)、丙型變形菌門(Gammaproteobacteria)為主;哲羅魚中Firmicutes是最占優(yōu)勢的菌群門,而細鱗魚和黑斑狗魚中Gammaproteobacteria顯著增加,F(xiàn)irmicutes顯著減少。屬水平上哲羅魚中主要以肉桿菌屬(Carnobacterium)為主,細鱗魚和黑斑狗魚中嗜冷桿菌屬(Psychrobacter)、不動桿菌屬(Acinetobacter)、梭菌屬(Clostridium sensu stricto)等比例較高。不同種魚腸道微生物的組成及多樣性在門和屬水平上有明顯差異,而同種冷水魚的腸道內(nèi)容物和黏膜間微生物群落組成較為相似,無顯著差異。

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