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1 株牦牛乳源產(chǎn)細(xì)菌素融合魏斯氏菌ZW21全基因組測(cè)序及序列分析
來(lái)源:導(dǎo)入 閱讀量: 177 發(fā)表時(shí)間: 2024-01-09
作者: 鄭雪,梁琪,宋雪梅,張炎
關(guān)鍵詞: 牦牛乳;融合魏斯氏菌;全基因組測(cè)序;基因功能注釋?zhuān)患?xì)菌素
摘要:

融合魏斯氏菌(Weissella confusa)ZW21是1 株具有良好抗菌活性的牦牛乳源乳酸菌,為探索其抗菌機(jī)理,分析其全基因組序列并挖掘該菌株的抗菌等功能特性基因。本研究基于Illumina NovaSeq PE150平臺(tái)對(duì)W. confusa ZW21進(jìn)行全基因組測(cè)序分析,并采用基因功能、京都基因與基因組百科全書(shū)、蛋白質(zhì)直系同源簇、非冗余蛋白、碳水化合物活性酶數(shù)據(jù)庫(kù)、轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白分類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行基因組基本功能注釋。結(jié)果表明:W. confusa ZW21的基因組大小為2.44 Mb,GC含量45.66%;預(yù)測(cè)到2 175 個(gè)編碼基因,編碼基因總長(zhǎng)度為1 947 771 bp,平均長(zhǎng)度為896 bp;通過(guò)功能數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)該菌株基因組基本功能注釋和代謝通路基因信息注釋可知,基因組中含有8 種細(xì)菌素(如大腸菌素V和乳球菌素)相關(guān)基因、3 種與抗氧化活性相關(guān)基因,以及可調(diào)控免疫和炎癥信號(hào)通路(如核苷酸結(jié)合寡聚化結(jié)構(gòu)域樣受體蛋白受體信號(hào)通路、過(guò)氧化物酶體增殖物激活受體信號(hào)通路)和編碼抗葉酸的基因。綜上,W. confusa ZW21全基因組測(cè)序及分析為研究其抗菌機(jī)理提供基礎(chǔ)。

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