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基于二代測序技術(shù)的玉米內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因擴增子的篩選與評估
來源:導(dǎo)入 閱讀量: 172 發(fā)表時間: 2024-01-09
作者: 陳利紅,周俊飛,梁晉剛,李甜甜,王顥潛,方治偉,陳紅,彭海
關(guān)鍵詞: 玉米;二代測序;內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因;定量檢測;穩(wěn)定性
摘要:

通過對先前研究報道的7 個內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因的核苷酸序列分析,設(shè)計13 個擴增區(qū)域(擴增子);利用208 個普通玉米品種(系)對這13 個擴增子進(jìn)行高通量測序與分析,并對其序列保守性、特異性、檢出穩(wěn)定性及其動態(tài)檢測范圍進(jìn)行評估,以獲得合適的基于二代測序技術(shù)定量檢測玉米DNA含量或拷貝數(shù)的內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因擴增子。結(jié)果顯示,7 個內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因的13 個擴增子在208 個玉米樣品中的檢出率為94.7%~100%,而在水稻、大豆、棉花、白菜等25 個非玉米樣品中均未被檢出,基本符合內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因種內(nèi)高度一致與種間高度特異的標(biāo)準(zhǔn);種內(nèi)保守性分析顯示E3-UBI-1擴增子不含單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(insertion-deletion,InDel),而剩余12 個擴增子至少含有一個SNP或InDel;穩(wěn)定性分析結(jié)果顯示最不穩(wěn)定的內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因擴增子是IVR,最穩(wěn)定的是ADH1-2;它們的動態(tài)檢測范圍為0.2~200 ng。綜合上述結(jié)果,ADH1-2與E3-UBI-1比較適合作為二代測序技術(shù)平臺中定量檢測玉米DNA含量或轉(zhuǎn)基因玉米成分的內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)基因擴增子。

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