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—— 中國食品雜志社
為了詳細解析從仿刺參腸道中分離出1 株具有較高酶活力高產(chǎn)褐藻膠裂解酶菌株S10的基因組序列信息，進而深入挖掘與褐藻膠裂解酶相關的基因資源，本研究通過形態(tài)學觀察和16S rRNA序列分析對菌株S10進行菌種鑒定，然后利用Illumina二代測序技術和第三代高通量PacBio測序平臺對菌株S10進行全基因組測序，并使用相關軟件對測序數(shù)據(jù)進行基因組組裝、基因預測及基因功能注釋等。此外，根據(jù)注釋結果對菌株S10中所含的3 組假定褐藻膠裂解酶基因序列進行生物信息學分析及結構預測。結果表明，菌株S10被鑒定為Vibrio alginolyticus，基因組總長度為5 397 046 bp，GC含量為44.59%，由2 條染色體和1 條質粒組成。預測共有4 936 個編碼基因，127 個tRNA基因和37 個rRNA基因。在直系同源集、基因本體論、京都基因與基因組百科全書和碳水化合物活性酶數(shù)據(jù)庫中分別注釋到4 039、3 163、3 104 個和96 個功能基因。此外，在菌株S10中發(fā)現(xiàn)了3 組潛在的褐藻膠裂解酶基因alg4755、alg4756和alg4760。生物信息學分析結果表明，褐藻膠裂解酶Alg4755、Alg4756和Alg4760均屬于多糖裂解酶家族7（polysaccharide lyases，PL7）蛋白，具有3 個PL7家族高度保守的基序（R*E*R、Q(I/V)H、Y*KAG*Y*Q）。綜上，S10菌株全基因組測序及分析對該菌的高效產(chǎn)酶機制研究和新型褐藻膠裂解酶的挖掘具有重要意義，可為后期酶的表達及工業(yè)化應用提供理論基礎。
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