領(lǐng)學(xué)術(shù)科研之先，創(chuàng)食品科技之新
—— 中國(guó)食品雜志社
通過(guò)比較不同DNA提取前處理方法在高通量測(cè)序中對(duì)薩拉米香腸細(xì)菌種群結(jié)構(gòu)的影響，為建立規(guī)范的高通量測(cè)序的操作流程優(yōu)選出更適宜的前處理方法。采用直接提取法（M0）、拍擊均質(zhì)法（M1）和振蕩珠磨法（M2）3 種常用前處理方法提取薩拉米香腸中細(xì)菌DNA，利用MiSeq高通量測(cè)序技術(shù)分析薩拉米香腸中細(xì)菌16S rRNA V3-V4區(qū)基因序列，以可操作分類(lèi)單元（operational taxonomic unit，OTU）為基礎(chǔ)分析細(xì)菌種群結(jié)構(gòu)。結(jié)果表明，M0、M1和M2的OTU數(shù)分別為319、206和253；3 種方法共有的OTU數(shù)為129，占樣品總OTU數(shù)的31.85%；Chao1指數(shù)分別為177.93±31.02、120.76±28.60、166.96±15.63；Shannon指數(shù)分別為2.79±0.22、2.95±0.31、3.25±0.30。在門(mén)和科分類(lèi)水平，不同前處理方法獲得的樣品細(xì)菌種群結(jié)構(gòu)相似，只有豐度上存在差異；但在屬分類(lèi)水平下，不同前處理方法可影響后續(xù)種群結(jié)構(gòu)分析的結(jié)果。M0可增大優(yōu)勢(shì)菌的豐度及多樣性，可用于檢測(cè)樣品在成熟過(guò)程中存在過(guò)的細(xì)菌。而M1和M2除去了游離DNA，只留下具有完整細(xì)胞結(jié)構(gòu)的細(xì)菌菌體，更能反映出樣品在取樣時(shí)的細(xì)菌種群結(jié)構(gòu)。當(dāng)樣品結(jié)構(gòu)相對(duì)均一時(shí)，M1與M2的菌群結(jié)構(gòu)和豐度趨于一致。本研究說(shuō)明，不同的前處理方法可影響后續(xù)種群結(jié)構(gòu)分析的結(jié)果。應(yīng)該盡早建立統(tǒng)一的高通量測(cè)序操作與分析流程，確保數(shù)據(jù)的可靠性以及不同研究之間結(jié)果的可比性。
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