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引物3’端不同堿基錯(cuò)配情況下實(shí)時(shí)熒光定量PCR 非特異性擴(kuò)增的發(fā)生規(guī)律
來(lái)源:食品科學(xué)網(wǎng) 閱讀量: 314 發(fā)表時(shí)間: 2017-06-15
作者: 李金春,李家鵬,周 彤,喬曉玲,許隨根,戚 彪,米瑞芳,曲 超,許 典
關(guān)鍵詞: 肉類摻假;循環(huán)閾值;堿基錯(cuò)配;非特異性擴(kuò)增;引物特異性
摘要:

以錯(cuò)配反應(yīng)與正常反應(yīng)之間的ΔCt值為指示,研究不同堿基錯(cuò)配類型、位置與個(gè)數(shù)條件下引物3′端與模板 之間非特異性擴(kuò)增的發(fā)生規(guī)律,并構(gòu)建ΔCt值的二次多項(xiàng)式回歸模型。結(jié)果表明,堿基錯(cuò)配種類、位置、個(gè)數(shù)對(duì)實(shí) 時(shí)熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(quantitative real-time polymerase chain reaction,RT-qPCR)的非特異性擴(kuò)增都有顯著 影響,并呈現(xiàn)出較強(qiáng)的規(guī)律性。堿基類型上,研究的各個(gè)位置上異型錯(cuò)配較易發(fā)生非特異性擴(kuò)增,而同型錯(cuò)配則 較難發(fā)生,并且兩種錯(cuò)配類型之間有顯著性差異(P<0.05);錯(cuò)配位置上,相同條件下引物3’端第1位堿基錯(cuò)配對(duì) ΔCt值影響最大,錯(cuò)配位置遠(yuǎn)離3’端時(shí)對(duì)ΔCt值的影響逐漸減小,非特異性擴(kuò)增也更容易發(fā)生;錯(cuò)配個(gè)數(shù)上,隨著 錯(cuò)配堿基個(gè)數(shù)的增加對(duì)ΔCt值得影響程度不斷增大,非特異性擴(kuò)增較難發(fā)生。構(gòu)建ΔCt值預(yù)測(cè)模型R2達(dá)到0.837 1, 根據(jù)此模型可以預(yù)測(cè)出不同位置、不同錯(cuò)配類型條件下ΔCt值,從而可以判斷RT-qPCR非特異性擴(kuò)增的發(fā)生的難易 程度。

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